Si se produce un timeout en MySQL con Entity Framework la primera opción que se nos podría ocurrir es agregar el parámetro default command timeout en la cadena de conexión:

<add name="Entities" connectionString="metadata=res://*/DAL.MyModel.csdl|res://*/DAL.MyModel.ssdl|res://*/DAL.MyModel.msl;provider=MySql.Data.MySqlClient;provider connection string='server=localhost;persistsecurityinfo=False;user id=root;password=;database=myddatabase;default command timeout=300'" providerName="System.Data.EntityClient" />

Por desgracia esta solución no funciona debido a un bug en el connector / NET de MySQL. Ver ref. bug.

Por suerte existe una opción para cambiar este valor para el object context en Entity Framework, dependiendo de la versión de Entity Framework:

Entity Framework 6:

this.context.Database.CommandTimeout = 180;

Entity Framework 5:

((IObjectContextAdapter)this.context).ObjectContext.CommandTimeout = 180;

Entity Framework 4 e inferiores:

this.context.CommandTimeout = 180;