Del mismo modo que Microsoft se decantó por dar soporte a jquery dentro de sus plantillas de proyectos de Visual Studio 2010 ahora podemos comprobar que con Visual Studio 2013 existen plantillas para desarrollar con bootstrap.
Creo que se han dado cuenta de que no podían prescindir de un framework que hiciera más fácil el diseño web adaptable (responsive design) indispensable hoy en día como todos bien sabemos.
Siempre podemos utilizar Foundation (el gran competidor de bootstrap) aunque yo no lo recomendaría por dos razones. La primera razón es que considero que hay que confiar en las decisiones de Microsoft, ellos son los que mejor conocen su framework y seguro que lo han valorado en su día. La segunda razón, sufrida en mis propias carnes, es que he comprobado que algunos controles asp no se llevan muy bien con Foundation.