Si estás trabajando con UpdatePanel y jQuery puede ser que acabes teniendo un problema cuando cargues la página parcialmente.

Partimos de lo siguiente:

En la carga inicial de la página realizamos con jQuery algunas acciones mediante el $(document).ready().

Comprobamos que cuando ejecutamos la página esto funciona correctamente.

Cuando hacemos una carga parcial de la página dentro de un UpdatePanel entonces no se ejecutará la función ready() de jQuery ya que el DOM se ha creado en la carga inicial.

Si queremos que se produzcan las mismas acciones en la carga parcial usaremos el siguiente código:

$(document).ready(function() {
 // Nuestro código al incializar la página (DOM cargado)
});

var prm = Sys.WebForms.PageRequestManager.getInstance();

prm.add_endRequest(function() {
 //Volver a escribir nuestro código al realizar una carga parcial de la página con UpdatePanel
});