Si quieres preservar caracteres como ñ, ó, ç u otros del estilo cuando migras una base de datos MySQL deberás usar mysqldump con las siguientes opciones:

mysqldump -u <tu_usario> -p <tu_password> –default-character-set latin1 –skip- character-set <tu_db> archivo.sql

Para restaurarla:

mysql -u <tu_usuario> -p <tu_password> –default-character-set latin1 <tu_db> < archivo.sql 

Esto solucionará problemas al restaurar copias de seguridad mediante código. En mi código .Net realizaba un proceso que creaba tanto la copia de seguridad en scripts .sql y también tenía otro proceso que realizaba la copia de seguridad a partir del fichero generado anteriormente. Sin embargo si el comando lo ejecutaba a través de la consola de windows el proceso lo realizaba correctamente.

Aparentemente el primer proceso generaba correctamente el archivo sql pero a la hora de ejecutar el proceso no podía continuar cuando encontraba un caracter especial, (en mi caso la ñ).

Si realizas copias programadas también deberás tenerlo en cuenta sobre todo si ejecutas la restauración mediante alguna aplicación .net. Y sobre todo leer el fichero de esta manera:

StreamReader reader = new StreamReader(file,Encoding.GetEncoding(«latin1»));

Como ves los ingleses lo tienen más fácil porque nunca le ocurrirán problemas de este tipo a no ser que trabajen con aplicaciones multiidioma. Pero en cualquier caso deberías tener siempre en cuenta copiar y restaurar bases de datos MySQL con codificación adecuada.